Universitas Nurul Jadid (UNUJA) kini telah memiliki empat fakultas untuk jenjang Sarjana (S1) dan dua program studi jenjang Pascasarjana (S2).

I. FAKULTAS AGAMA ISLAM

Menjadi Fakultas Agama Islam yang unggul dan kompetetif dalam pengembangan ilmu keislaman, pendidikan, hukum dan ekonomi yang berkeadaban dan berwawasan keindonesiaan pada tahun 2023.

II. FAKULTAS TEKNIK

Menjadi Fakultas Teknik yang unggul, inovatif, dan berkeadaban dalam pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni yang berwawasan keindonesiaan tahun 2022.

III. FAKULTAS KESEHATAN

Menjadi Fakultas Kesehatan yang unggul, inovatif, dan berkeadaban dalam pengembangan ilmu kesehatan dan kesehatan komplementer yang berwawasan keindonesiaan pada tahun 2038.

IV. FAKULTAS SOSIAL DAN HUMANIORA

Menjadi Fakultas Unggul dan Berkeadaban dalam Pengembangan Tridarma dalam Bidang Sosial dan Humaniora Berlandaskan Trilogi dan Pancakesadaran Pesantren Nurul Jadid bagi Pembangunan Masyarakat Indonesia dan Dunia tahun 2027.

V. PROGRAM PASCA SARJANA

Sebagaimana pedoman penyelenggaraan akademik, bahwa Visi Program Pascasarjana IAI Nurul Jadid adalah Menjadi Program Studi yang Unggul dan Kompetitif dalam bidang PAI pada tahun 2025.